Trường THPT Nguyễn Tất Thành được thành lập theo Quyết định số 1864/QĐ-UBND tỉnh Hà Tây cũ ngày 12/10/2007, là cơ sở giáo dục trung học phổ thông ngoài công lập, có địa chỉ hoạt động tại xã Trung Hưng, thị xã Sơn Tây, tỉnh Hà Tây.
Năm học 2019 - 2020, trường chuyển địa điểm hoạt động, theo Quyết định số 338/QĐ-SGDĐT ngày 7/3/2019, địa điểm cũ tại số 333, Thanh Vị, phường Sơn Lộc, thị xã Sơn Tây, TP. Hà Nội đến địa điểm mới tại số 54 Vũ Trọng Phụng - Thanh Xuân - Hà Nội.
Từ khi chuyển về địa điểm mới nhà trường đã có công văn đề nghị đổi tên trường từ Nguyễn Tất Thành - Sơn Tây thành Nguyễn Tất Thành, và Chủ tịch UBND TP. Hà Nội đã có Quyết định số 5396/QĐ-UBND ngày 2/12/2020 chấp thuận đề nghị này (có hiệu lực kể từ ngày ký).
Như vậy, ngôi trường này được thành lập và có quyết định chuyển địa điểm hoạt động, đổi tên trường theo đúng quy định của pháp luật.
Trước đó, có thông tin không chính xác rằng, Trường THPT Nguyễn Tất Thành - Sơn Tây tự ý cắt bớt chữ "Sơn Tây" trong tên gọi, biển hiệu, khiến phụ huynh nhầm lẫn đây là một cơ sở của Trường THCS - THPT Nguyễn Tất Thành, thuộc Đại học Sư phạm Hà Nội.
